Como sabemos Willermoz elegeu-se Grão Mestre da Grande Loja de Lyon em 1761 e 1762 mas não aceitou a renovação de seu mandato em 1763 para que pudesse dedicar-se mais à parte oculta. Em 1763 fundou, juntamente com seu irmão Pierre-Jacques, o Capítulo dos Cavaleiros da Águia Negra, nele, entraram os irmãos mais instruídos das Lojas de Lyon. As reuniões eram secretas para evitar a curiosidade dos demais irmãos, a admissão de novos membros foi fechada, estudavam particularmente o simbolismo e a importância dos diversos níveis e os catecismos dos diferentes graus e sistemas maçônicos.
Willermoz e seus companheiros não aprovavam os graus de vingança contidos em muitos sistemas maçônicos, com relação aos exterminadores da Ordem do Templo em 1314.

Os membros do Soberano Capítulo da Águia Negra, estariam ligados aos Iluminados de Avignon, dirigidos por Dom Pernety, este, tinha contato com a Estrita Observância Templária, na Alemanha e provavelmente também com Dom Martinez de Pasqually e por seu intermédio, possivelmente, foi que Willermoz conheceu Pasqually e que se tornou Delegado Geral da Estrita Observância Templária para a região de Lyon.
Com a aprovação da grande loja da França, os maçons de Lyon desenvolveram seus trabalhos sob o comando de sua própria Grande Loja, Willermoz deixou o Grão-Mestrado em 1763, tornando-se simples Guarda-selos e Arquivista, nunca deixou de exercer alguma função na Maçonaria.
Willermoz acreditava, desde a sua primeira admissão na Maçonaria, que Ela detinha o conhecimento de um objetivo possível e capaz de satisfazer o homem honesto. Trabalhos e estudos por mais de vinte anos, uma correspondência particular intensa com os Irmãos mais instruídos da França e do exterior e os arquivos da Ordem em Lyon, forneceram-lhe os meios para encontrar os inúmeros sistemas, alguns mais singulares que os outros.

Willermoz era em primeiro lugar, um discípulo esforçado, dedicado aos estudos, em segundo, foi um grande organizador de sistemas iniciáticos, grande pesquisador, ativo e prático; pela relação com Dom Pernety, deu uma impregnação alquímica ao seu sistema maçônico cujo objetivo era alcançar a iluminação e realizar a Grande Obra.
Em uma viagem à Paris, em maio de 1767, encontrou Bacon de la Chevalerie, substituto da Ordem dos Elus-Cohens do Universo, no Grão Mestrado, foi nessa oportunidade que constatou pela primeira vez com a doutrina de Martinez de Pasqually. Tinha 37 anos de idade quando foi iniciado por Pasqually na Ordem dos Elus Cohens, em cerimônia realizada em Versalhes, proximidades de Paris.
Bacon colocou Willermoz em contato também com outros irmãos, juntamente com seu irmão Pierre Jacques, entraram na nova Sociedade, cujo chefe era Pasqually, um dos sete chefes soberanos universais da Ordem, como ele próprio se apresentava. Iniciado há 18 anos na Maçonaria e possuidor de todos os seus graus, compreendeu que até aquele momento nada sabia da Maçonaria essencial e que havia um vasto campo de conhecimentos a percorrer.

Seus conhecimentos de alquimia, uma ampla base de conhecimentos de simbolismo maçônico e do ocultismo em geral, permitiram-lhe destacar-se rapidamente na Ordem dos Elus Cohens do Universo. As teorias expostas por seu novo Mestre respondiam aos desejos secretos que possuía e a tudo aquilo que sempre procurou. A nova Ordem detinha prescrições particulares à seus discípulos, era vetado o consumo de sangue, dos rins, e da graxa dos animais, recomendava a prática mundana com moderação e duas vezes por ano praticavam um rigoroso jejum; abstinham-se de toda alimentação algumas horas antes de seus trabalhos.
Pasqually concedeu-lhe o direito de estabelecer uma Grande Loja do novo rito em Lyon e deu-lhe o título de Inspetor Geral do Oriente em Lyon e fez com que entrasse como membro não residente do Tribunal Soberano de Paris. Em 13 de março de 1768, Bacon de la Chevalerie ordena Willermoz no Grau Rosa Cruz.

Willermoz iniciou longa correspondência com Pasqually, através da qual era instruído acerca das operações de equinócio e em relação aos trabalhos diários. Determinados irmãos iam de Bordeaux à Lyon para operarem com Willermoz. Os irmãos de Paris realizavam trabalhos a sós ou acompanhados por Pasqually, como o Mestre não tinha meios de estar presente em todos os lugares ao mesmo tempo, havia irmãos descontentes, Willermoz procurou acalmar os irmãos, tanto os de Paris como os de Versalhes e com tom moderado solicitou a assistência do Mestre em Bordeaux.
Todos aguardavam suas promessas, os discípulos impacientes esperavam a manifestação do sinal do Reparador. O Mestre mandou que estudassem com mais perseverança ainda e que tivessem paciência e esperassem que a luz se faria presente no interior de cada um. Essa cobrança de que Willermoz foi o porta-voz, parece ter irritado o Mestre, que proibiu Willermoz de realizar os trabalhos de determinado equinócio.
Desde 1768 Willermoz mantinha correspondência com Saint Martin, na época secretário de Pasqually, formou-se entre ambos uma forte amizade, estavam em início de carreira iniciática e ainda bastante imaturos na Iniciação Real.
Saint Martin reconfortava o líder Lyones, seu estilo elegante, seu fervor espiritual e seus conhecimentos de ocultismo acalmaram a mente dos irmãos de Lyon, dando-lhes coragem e paciência.

Através de Saint Martin, Willermoz em 11/07/1770, Pasqually falou-lhe de seus mestres, sendo ele próprio apenas um intérprete, possuidor do terceiro grau de uma Ordem originária dos lendários Rosa Cruzes.
Willermoz encontrou nos novos companheiros da Ordem dos Elus Cohens: Grainville, Champollion, Bacon de la Chevalerie, Saint Martin, entre outros, uma grande fé em Martinez de Pasqually, na imortalidade da alma e na iluminação humana. Todos praticavam as técnicas mágicas oriundas do sistema organizado por Pasqually; esperavam pacientemente o desenvolvimento espiritual que se mostrava lento para todos os discípulos.
Aguardavam a presença do agente incógnito, "la Chose" bastante conhecida dos Martinistas, que deveria um dia manifestar-se no seu meio e aportar-lhes os conhecimentos divinos.
Com a partida de Pasqually para São Domingos, a Ordem dos Elus Cohens começou a declinar, Willermoz não esperou o desaparecimento do Mestre para agir por conta própria. Da América o Mestre escreveu-lhe colocando um fim em sua punição e dizendo-lhe que continuasse seu trabalho com a dedicação demonstrada até aquele momento, porque acabaria obtendo o sucesso almejado nas operações.
Willermoz recebia encorajamento de Grainville e de Champollion no sentido de lhe pacientar, salientavam a necessária distinção que se deve estabelecer entre o instrutor, falível como qualquer ser humano e a doutrina secreta, divina, pura, que ele nada mais fazia de que interpretá-la.
A idéia de Willermoz de adaptar o sistema da Ordem dos Elus Cohens do Universo, de Pasqually, dentro da Maçonaria, não era tarefa fácil. O sistema maçônico representa a Iniciação Primitiva e é tão antigo como a própria raça humana. Sua ritualística está inserida dentro de um contexto histórico, simbólico e iniciático.