Jules-Stanislas Doinel nasceu em 1842 em Moulins, no Allier. Doinel surge ligado a este assunto por ter sido um personagem essencial de um movimento neocátaro que surgiu no final do século passado em França. A sua carreira de arquivista e paleógrafo iniciou-se nos Archives du Cantal, e posteriormente na Biblioteca de Loiret. Foi nesta última que ele encontrou algo que aparentemente mudou a sua vida: uma carta com a assinatura de um chanceler episcopal, de nome Etienne, que fora queimado em 1022, por heresia.

Talvez se inicie aqui a história da Igreja Gnóstica, pois foi através desta carta que Doinel tomou conhecimento do grupo sectário do qual Etienne fazia parte. Tratava-se de uma seita de popelicanos, da qual faziam parte homens e mulheres de forma indistinta, e que se estabeleceu na diocese de Orleães, no século XI, durante o reinado de Roberto II. Os membros desta seita eram dualistas, ou seja, acreditavam na luta eterna entre as forças do Bem e do Mal.

As reuniões da seita tinham lugar em Orleães. Doinel descobriu que uma mulher Eslava tinha vindo da península itálica para participar nos encontros, o que indica se tratar de alguém com importância para os membros da seita. Possivelmente, a mulher seria uma bogomil, o nome pelo qual são conhecidos os cátaros Eslavos. Doinel conseguiu obter várias informações sobre o que se passava nas reuniões dos popelicanos, possivelmente lendo os documentos relativos ao processo do herético Etienne. As reuniões principiavam com todos os participantes entoando litanias com uma vela acesa na mão.

Doinel filiou-se a diversas Ordens ocultistas no intuito de obter informações e respostas as suas perguntas e percebeu que as pessoas que tinham uma espiritualidade mais avançada participavam secretamente de sessões do espiritismo kardecista. Começou então a freqüentar o kardecismo e ficou muito surpreso, quando viu figuras conhecidas do ocultismo participando das chamadas "mesas falantes". Começa então a se dedicar em seu desenvolvimento mediúnico, sempre com o objetivo de obter respostas para o seu intrigante manuscrito.

Foi então que, numa determinada sessão, na presença de vários espíritas conhecidíssimos sete Entidades espirituais manifestaram-se na seção. Um deles incorporou em Jules Doinel e os demais seis se materializaram na presença de todos os presentes. Era a resposta que Doinel procurava! Tratava-se dos mártires cátaros que foram queimados na fogueira da inquisição, e que teriam manifestado naquele dia para consagrar Jules Doinel como Bispo Gnóstico e outorgar-lhe a missão de restaurar a Igreja Gnóstica no mundo.

Doinel, sentindo-se extremamente realizado, voltou aos grupos ocultistas que participava, e com o aval dos altos dignitários das Ordens mais respeitadas da França, e que outrora presenciaram secretamente o fenômeno, instituiu a Igreja Gnóstica.

Logo em seguida Doinel fez uma aliança com Papus – Grão Mestre e um dos membros fundadores da ordem Martinista, consagrando-o Bispo. Papus em retribuição, e sentindo a força da Iniciação recebida de Doinel, decretou que a Igreja Gnóstica seria a Igreja oficial dos Martinistas.

Não demorou muito para a Igreja crescer. Pessoas de várias partes do mundo vinham ver o que era aquilo que todos chamavam de "a nova revelação".

Anos se passaram; Doinel, extremamente instável e assustado com o crescimento da Igreja, e que tinha formação católica, viu-se num dilema entre a fé e a razão, e guiado pela fé, arrependeu-se de sua obra, renunciando ao patriarcado da Igreja e nomeando o Bispo Jean Bricaud como novo patriarca.

Jean Bricaud, agora patriarca, transformou a Igreja Gnóstica em uma organização sólida, tão sólida que recebeu a sucessão apostólica original de um Bispo ortodoxo (da Igreja Sirio-Jacobita), que tinha se convertido ao gnosticismo.
Assim, a Igreja Gnóstica, além de sua sucessão cátara, agora possuía a sucessão apostólica, o que a colocaria numa posição confortável perante Roma.

A grandeza da Igreja Gnóstica, agora reconhecida por Roma provocou um enorme arrependimento em Jules Doinel, que se sentiu traidor de sua missão. Pediu um encontro com Jean Bricaud para voltar a Igreja. Nesse encontro, Jean Bricaud fez questão de reunir todo o Sínodo para testemunhar a conversa, onde Doinel, após explicar sua situação para Bricaud, insistiu em ser recebido de volta à Igreja Gnóstica como Patriarca.

Bricaud, explicou a Doinel as razões legais e espirituais para recusar a oferta. Então, por decisão do Sínodo da Igreja, Doinel voltou, não como patriarca, mas sim como Bispo. Era a primeira vez na história que um patriarca vivo voltava a condição de Bispo.

Em seu leito de morte havia um crucifixo e uma medalha de Abraxas (divindade Gnóstica). Sua vida, cercada de excentricidade, foi marcada pela solidão e pelo arrependimento. Suas últimas palavras foram de agradecimento aos mártires cátaros. Testemunhas documentaram que ao último suspiro de Doinel, uma névoa branca tomou conta do aposento e, na presença de todos, Doinel aparece em pé, em forma etérea acima de seu corpo que estava deitado na cama, com uma coroa e um cetro patriarcal, e ao seu lado, três anciãos o escoltavam em direção aos céus.

Originalmente, a Igreja Gnóstica recebeu uma doutrina essencialmente cátara, dando ênfase à pureza e a castidade. Tinha apenas 4 graus: Acólito, Diácono, Sacerdote e Bispo. Este foi o modelo original, criado por Jules Doinel e que ainda existe em algumas organizações.

Posteriormente, o Patriarca Jean Bricaud acrescenta mais 4 graus: Tonsurado (ou Clérigo), Leitor, Exorcista e sub-Diácono, totalizando 8 graus. Assim iniciava dentro da Igreja Gnóstica um caminho operativo, tornando-a uma Ordem Iniciática, diferente da proposta de Doinel, que seguia a via da contemplação.

A doutrina pregada por Jean Bricaud tinha por base o catarismo, mas com fortes influências maçônicas e ocultistas.

Essa doutrina durou alguns anos, até que Jean Bricaud introduziu elementos do cristianismo ortodoxo na Igreja, chegando até a consagrar alguns Arquimandritas, que caracterizava os cleros branco (sem celibato) e negro (celibatário) da Igreja Ortodoxa.

A doutrina ortodoxa foi logo retirada da Igreja, pois Jean Bricaud sentiu que estava fugindo das origens de Doinel, ficando somente as influências Maçônicas e ocultistas.

Com a rápida expansão da Igreja e, devido a autoridade e independência dos Bispos, a Igreja Gnóstica ganha cada vez mais ramificações.

Assim, existem várias ramificações da Igreja Gnóstica, que recebem os nomes de seus idealizadores:
-O ramo de Jules Doinel
-O ramo de Jean Bricaud;
-O ramo de Aleiter Crowley
-O ramo de Krum Heller
-O ramo de Samael Aum Weor
-O ramo Lucien Jean Maine

Estes ramos citados são os mais antigos e conhecidos, mas existem dezenas de outras linhagens.

Algumas destas Escolas praticam uma Gnose mais pura, baseada nas culturas pré-cristãs, com forte influência oriental.
Outras Escolas praticam uma Gnose com fortes influências judaico-cristã-islâmica.

Mas ainda existe uma terceira manifestação da Gnose, baseada nos ensinamentos de Carl Gustav Yung. Esta Escola baseia sua Gnose na psicologia, dando ênfase na interpretação das reações psicológicas do homem e sua relação com o universo. Nesse ramo não existe clero nem sistema de graus, sendo apenas uma metodologia de trabalho interior.

Um ponto em comum a todas estas Escolas é a Grande Virgem da Gnose, Sofia, que é de fato a grande manifestação egregórica da Gnose. Representa a base da doutrina e mãe de todas as organizações gnósticas, inspirando a Igreja do invisível. Abaixo dela está São Miguel Arcanjo (ou Mikael), que é o guardião da Igreja, agindo de forma disciplinadora. Sua influência estende-se tanto a clérigos quanto a fiéis da Igreja Gnóstica. E completando a Trindade de comando espiritual da Igreja está o Mestre Desconhecido, um Ser Espiritual que comanda a Igreja como um Patriarca invisível, sendo o responsável pela administração e transmissão da Gnose no mundo.