Jules-Stanislas Doinel nació en 1842 en Moulins, en Allier. Doinel surge ligado a este asunto por haber sido un personaje esencial de un movimiento neocátaro que surgió a fines del siglo pasado en Francia. Su carrera de archivista y paleógrafo se inició en los Archives du Cantal, y posteriormente en la Biblioteca de Loiret. Fue en esta última en la que encontró algo que aparentemente cambió su vida: una carta con la firma de un canciller episcopal, de nombre Etienne, que fue quemado en 1022, por herejía.

Tal vez se inicie aquí la historia de la Iglesia Gnóstica, pues fue a través de esta carta que Doinel tuvo conocimiento del grupo sectario del cual Etienne era parte. Se trataba de una secta de popelicanos, de la cual formaban parte hombres y mujeres indistintamente, y que se estableció en la diócesis de Orleáns, en el siglo XI, durante el reinado de Roberto II. Los miembros de esta secta eran dualistas, o sea, creían en la lucha eterna entre las fuerzas del Bien y del Mal.

Las reuniones de la secta tenían lugar en Orleáns. Doinel descubrió que una mujer eslava había venido de la península itálica para participar en los encuentros, lo que indica que se trataba de alguien importante para los miembros de la secta. Posiblemente, la mujer sería una bogomila, un nombre por el cual son conocidos los cátaros eslavos. Doinel logró obtener varias informaciones sobre lo que sucedía en las reuniones de los popelicanos, posiblemente leyendo los documentos relacionados con el proceso del hereje Etienne. Las reuniones comenzaban con todos los participantes entonando letanías con un cirio encendido en la mano.
Doinel se afilió a diversas Órdenes ocultistas con la intención de obtener informaciones y respuestas a sus preguntas y percibió que las personas que tenían una espiritualidad más avanzada participaban secretamente de las sesiones del espiritismo kardeciano. Comenzó entonces a frecuentar el kardecismo y quedó muy sorprendido, cuando vio figuras conocidas del ocultismo participando de las llamadas "mesas parlantes". Comienza entonces a dedicarse a su desarrollo mediumnímico, siempre con el objetivo de obtener respuestas para su intrigante manuscrito.

Fue allí que, en una determinada sesión, en presencia de varios espíritas conocidísimos siete Entidades espirituales se manifestaron en la sesión. Uno de ellos se incorporó en Jules Doinel y los otros seis se materializaron ante todos los presentes. ¡Era la respuesta que Doinel buscaba! Se trataba de los mártires cátaros que fueron quemados en la hoguera de la inquisición, y que se habían manifestado aquel día para consagrar a Jules Doinel como Obispo Gnóstico y otorgarle la misión de restaurar la Iglesia Gnóstica en el mundo.

Doinel, sintiéndose extremamente realizado, se volvió hacia los grupos ocultistas en los cuales participaba, y con el aval de los altos dignatarios de las Órdenes más respetadas de Francia, y que otrora presenciaran secretamente el fenómeno, instituyó la Iglesia Gnóstica.

Luego enseguida Doinel hizo una alianza con Papus - Gran Maestro y uno de los miembros fundadores de la Orden Martinista, consagrándolo como Obispo. Papus en retribución, y sintiendo la fuerza de la Iniciación recibida de Doinel, decretó que la Iglesia Gnóstica sería la Iglesia oficial de los Martinistas.
No demoró mucho para que la Iglesia creciera. Personas de varias partes del mundo venían a ver que era aquello que todos llamaban "la nueva revelación."

Pasaron los años; Doinel, extremadamente inestable y asustado con el crecimiento de la Iglesia, y como tenía una formación católica, se vio en un dilema entre la fe y la razón, y guiado por la fe, se arrepintió de su obra, renunciando al patriarcado de la Iglesia y nombrando al Obispo Jean Bricaud como nuevo patriarca.
Jean Bricaud, ahora patriarca, transformó la Iglesia Gnóstica en una organización sólida, tan sólida que recibió la sucesión apostólica original de un Obispo ortodoxo (de la Iglesia Siro-Jacobita), que se había convertido al Gnosticismo.
Así, la Iglesia Gnóstica, además de su sucesión cátara, ahora poseía la sucesión apostólica, lo que la colocaría en una posición confortable con respecto a Roma.
La grandeza de la Iglesia Gnóstica, ahora reconocida por Roma provocó un enorme arrepentimiento en Jules Doinel, que se sintió traidor a su misión. Pidió un encuentro con Jean Bricaud para volver a la Iglesia. En ese encuentro, Jean Bricaud, hizo reunir a todo el sínodo para testimoniar la conversión, en donde Doinel, después de explicar su situación a Bricaud, insistió en ser recibido de vuelta a la Iglesia Gnóstica como Patriarca.

Bricaud, le explicó a Doinel las razones legales y espirituales para rehusar la oferta. Entonces, por decisión del Sínodo de la Iglesia, Doinel regresó, no como patriarca, sino como Obispo. Era la primera vez en la historia que un patriarca vivo regresaba a la condición de Obispo.
En su lecho de muerte había un crucifijo y una medalla de Abraxas (divinidad Gnóstica). Su vida, rodeada de excentricidades, fue marcada por la soledad y por el arrepentimiento. Sus últimas palabras fueron de agradecimiento a los mártires cátaros. Algunos testigos documentaron que al último suspiro de Doinel, una nube blanca llenó el aposento y, en presencia de todos, Doinel apareció de pie, en forma etérea encima de su cuerpo que estaba echado sobre la cama, con una corona y un cetro patriarcal, y a su lado, tres ancianos lo escoltaban en dirección a los cielos.

Originalmente, la Iglesia Gnóstica recibió una doctrina esencialmente cátara, dando énfasis a la pureza y a la castidad. Tenía apenas 4 grados: Acólito, Diácono, Sacerdote y Obispo. Este era el modelo original, creado por Jules Doinel y que todavía existe en algunas organizaciones.

Posteriormente, el Patriarca Jean Bricaud añadió 4 grados: Tonsurado (o Clérigo), Lector, Exorcista y Subdiácono, formando 8 grados. Así comenzaba dentro de la Iglesia Gnóstica un camino operativo, convirtiéndola en una Orden Iniciática, diferente de la propuesta por Doinel, que seguía la vía de la contemplación.

La doctrina predicada por Jean Bricaud tenía por base el catarismo, pero con fuertes influencias masónicas y ocultistas.

Esa doctrina duró algunos años, hasta que Jean Bricaud introdujo elementos del cristianismo ortodoxo en la Iglesia, llegando hasta a consagrar algunos Archimandritas, que caracterizaba a los cleros blanco (sin celibato) y negro (célibe) de la Iglesia Ortodoxa.

La doctrina ortodoxa fue luego retirada de la Iglesia, pues Jean Bricaud sintió que se estaba apartando de los orígenes de Doinel, dejando solamente las influencias Masónicas y ocultistas.

Con la rápida expansión de la Iglesia y, debido a la autoridad e independencia de los Obispos, la Iglesia Gnóstica gana cada vez más ramificaciones.

Así, existen varias ramas de la Iglesia Gnóstica, que reciben los nombres de sus idealizadores:
-La rama de Jules Doinel
-La rama de Jean Bricaud
-La rama de Aleister Crowley
-La rama de Krumm Heller
-La rama de Samael Aum Weor
-La rama Lucien Jean Maine

Estas ramas citadas son las más antiguas y conocidas, pero existen decenas de otros linajes.

Algunas de estas Escuelas practican una Gnosis más pura, basada en las culturas precristianas, con fuerte influencia oriental.
Otras Escuelas practican una Gnosis con fuertes influencias judeo-cristiano-islámicas.

Existe también una tercera manifestación de la Gnosis, basada en las enseñanzas de Carl Gustav Jung. Esta Escuela basa su Gnosis en la psicología, dando énfasis a la interpretación de las reacciones psicológicas del hombre y su relación con el universo. En esa rama no existe clero ni sistema de grados, siendo apenas una metodología de trabajo interior.

Un punto en común a todas estas Escuelas es la Gran Virgen de la Gnosis, Sofía, que es de hecho la gran manifestación egregórica de la Gnosis. Representa la base de la doctrina y es la madre de todas las organizaciones Gnósticas, inspirando la Iglesia de lo invisible. Debajo de ella está San Miguel Arcángel (o Mikael), que es el guardián de la Iglesia, actuando de forma disciplinadota. Su influencia se extiende tanto a los clérigos como a los fieles de la Iglesia Gnóstica. Y completando la Trinidad de comando espiritual de la Iglesia está el Maestro Desconocido, un Ser Espiritual que comanda la Iglesia como un Patriarca invisible, siendo el responsable de la administración y transmisión de la Gnosis en el mundo.