Os maçons de Lyon, embora muito dedicados, não possuíam uma doutrina sintética que lhes assegurasse o objetivo de seus trabalhos. A doutrina exposta por Martinez encaixou como uma luva nas mãos laboriosas dos maçons ocultistas de Lyon, cujo chefe era Jean-Baptiste Willermoz.

Tal doutrina comportava a revelação de verdades primordiais, comunicadas outrora a alguns seres privilegiados, e em sua síntese, ensinava a maneira de transpor a barreira que separa o Homem da Divindade. Martinez trazia a mensagem de uma tradição oculta, conservada alegoricamente nas Escrituras Sagradas, sob o véu dos símbolos, transmitida através dos tempos pelas Sociedades Secretas. A Maçonaria tinha perdido a chave dessa tradição, que foi reencontrada por Martinez e por ele retransmitida em seus rituais.

Sua doutrina explicava que a história da humanidade se resumia nas conseqüências do pecado original e na subdivisão do Homem Primitivo. A Divindade emanou Adão para que fosse o guardião da prisão onde tinha colocado os anjos rebeldes. Adão, revestido de uma forma "gloriosa" comandava toda a criação. Mas, seduzido pelos Espíritos perversos, Adão quis ter sua própria posteridade "espiritual".

Entretanto, a criação de Adão não resultou senão numa forma material (Eva), que constituiu sua própria prisão futura. Essa condição o privou da comunicação com a Divindade e o expôs aos ataques dos espíritos perversos, dos quais ele era anteriormente o Mestre. A posteridade de Seth poderá obter sua reconciliação e entrar em contato direto com a Divindade, após ter percorrido todas as esferas superiores do mundo celeste. O Elus Cohen deveria seguir rigorosamente o ritual teurgico e renunciar a tudo o que existe neste baixo mundo, e resignar-se a receber à graça no seu devido tempo. Esta virá, a partir de um trabalho constante, quando menos se espera. A preguiça, ou a impureza de um único membro durante os trabalhos, prejudica todo o trabalho coletivo dos grupos operativos.

Willermoz compreendeu rapidamente estas premissas e trabalhou de corpo e alma, não somente na sua regeneração pessoal como também com o objetivo de estender essa doutrina à Maçonaria, fazendo novos adeptos para a Ordem. Foi por essa razão que buscou a aliança com os maçons alemães da Estrita Observância Templária, isentos dos objetivos políticos e vingativos dos maçons Franceses.